肛门无缘无故疼痛可由一些疾病导致，如患肛窦炎，急性发炎时会伴有肛门内肛管烧灼疼痛或者刺痛，便后出现肛门疼痛，伴有肛门坠胀感。
得血栓性外痔或者炎性外痔，外痔处会出现肿胀和疼痛。内痔脱出肛门外难以还纳肛门内，脱出内痔出现嵌顿，内痔处会出现肿胀和疼痛引起肛门疼痛。
肛裂也会引起肛门无缘无故疼痛，排便时刺激肛门裂口内的末梢神经，引起肛门剧烈疼痛。排便后由于内括约肌痉挛，会引起排便后肛门疼痛。得肛周脓肿会在肛周出现一肿块，肿块处会出现红、肿、热、痛，脓肿进一步发展会引起肛门剧烈疼痛。