真菌性食管炎在治疗以后需要进行胃镜复查，在进行胃镜复查时主要是观察胃黏膜是否有水肿、充血、糜烂、溃疡等症状，而且还可以取组织进行病理活检，确定治疗效果。
另外，进行胃镜复查也为下一步治疗方案提供依据。真菌性食管炎患者除了进行胃镜复查外，还需要进行复查血常规、血清学试验等项目。
真菌性食管炎也就是感染了念珠菌所导致的食管炎症，主要是选择一些抗真菌类药物治疗。在治疗的时候主要是为了控制病症发展，减少复发和防止其他并发症出现的几率。