川崎病的并发症主要有以下几种
一、心血管的病变，即是川崎病自身的症状又是可导致死亡的并发症，主要累计冠状动脉。冠状动脉瘤的发生率约为15%到30%。常见的危险因素包括发病年龄在1岁以内，男孩持续发热超过14天，贫血炎性指标明显升高，血浆白蛋白减少和发生体动脉瘤大多数冠状动脉瘤呈自限性，经过多数与一到两年内自行消退。
二、胆囊极易多出现于亚急性期，可发生严重的腹痛、腹胀及黄疸。
三、关节炎和关节痛，发生于急性期和亚急性期大小关节均可受累，随着病情的好转而痊愈。
四、神经系统改变急性期包括无菌性脑脊髓膜炎，面神经麻痹，听力丧失，急性脑炎和高热惊厥等。
五、其他并发症，如肺栓塞，急性期还可以有尿道炎，尿沉渣可见白细胞增多，即轻度蛋白尿，巩膜睫状体炎较少见。约2%的患者可发生体动脉瘤以腋动脉，髂动脉多见。