肝囊肿手术后复发率高低取决于手术的方式。
目前，肝囊肿手术的方式主要有经皮经肝囊肿穿刺抽取术、腹腔镜下囊肿开窗术以及肝部分肝叶切除术等，还有包括介入术等。其中经皮经肝囊肿穿刺抽取术这类手术方式比较容易复发，这类方式是通过细针经过皮肤和肝脏到达囊肿腔，然后将囊肿腔内的囊肿液抽取的一个手术方式。
这类手术虽然方式比较简单，也比较便捷，但是极易复发，因为抽取后的囊肿可能在短时间内又会重新生长出来，囊肿复发，而其他的手术如腹腔镜下囊肿开窗术以及肝叶部分切除术就避免了手术后复发的情况。