卵巢妊娠是受精卵在卵巢内种植及生长和发育。所以在发育到一定阶段后，因为卵巢组织没有弹性，随着妊娠囊增大，卵巢组织它不能随着增大，就会导致卵巢破裂，引起大出血，甚至是失血性休克等表现。
所以一经诊断卵巢妊娠，治疗还是以手术治疗为主。手术方式切除卵巢组织损失严重的部分，必要时先部分切除，尽量保留正常卵巢组织。对于少部分考虑卵巢妊娠，检查血HCG不高，无明显内出血，也无明显症状的患者，也可以予以药物保守治疗，可以予以甲氨蝶呤处理。
但是在治疗期间要严密随访血HCG的情况，如有持续性上升或考虑有内出血，仍需要手术治疗。