先天性复杂型心脏病患者，一般都是需要出生后立即行心脏手术。需要根据具体心脏病的类型，行手术治疗，包括对症手术、姑息手术、根治手术等。
1.对症手术。根据不同原因选择手术方法，常见病为法洛四联症、大动脉转位、室间隔缺损等，分别行法洛四联症矫形术、大动脉转位矫形术、心室双出口矫形术。
2.姑息手术。姑息手术主要是由于没有办法行对症手术或者患者身体素质不满足手术条件，而又急需手术缓解症状，于是采用姑息手术对心脏进行修复。
3.根治手术。这类手术主要进行心脏移植治疗，由于心脏来源困难，这类手术少见且技术水平要求极高，手术困难。