引起宝宝口臭的原因主要有口腔感染、上呼吸道感染、消化系统疾病、幽门螺旋杆菌感染问题等。
口腔感染是引起宝宝口臭的最主要原因之一，主要见于单纯细菌感染，和在病毒感染的基础上混合细菌感染所引起的口臭现象，如牙龈炎、牙龈脓肿、口腔溃疡，以及疱疹性口腔炎、手足口病的口腔疱疹破溃后致细菌感染等，这些情况均可引起宝宝口臭。
上呼吸道感染也是引起宝宝口臭的常见于原因之一，如慢性鼻炎、鼻窦炎、急慢性扁桃体炎、化脓性扁桃体炎等；消化系统疾病也常引起口臭现象，如消化不良积食、肠道菌群失调、急慢性肠炎、结肠炎、便秘等等；当宝宝受到幽门螺旋杆菌感染后，也可能会引起口臭情况，可以进行碳13呼气试验进行判断以确诊。