马蹄肾可能会引起尿毒症。因为马蹄肾会导致肾的结构或者是形态出现异常，容易引起感染或者梗阻，就会对肾功能造成严重损害，从而引起肾衰竭或者是尿毒症。
如果马蹄肾没有引起任何不适症状，一般不需要进行治疗。如果合并有感染，应当使用抗生素类药物予以治疗，比如环丙沙星、头孢地尼等。如果并发结石，还应当进行排石处理，避免对肾脏造成严重损伤。
如果已经对肾脏造成了严重的损害，在必要时还应当将病变的肾脏切除，避免另一侧的肾脏受到影响。