对于患有食管异位组织的患者也可以进行药物治疗，尤其是对于病灶比较小，及患者无明显症状出现者可以进行药物治疗，一般最常用一些抑酸药物。
但是对于病灶比较大，多发性及患者有明显症状者，单纯地使用药物进行治疗效果不好，而且可能会延误疾病的最佳治疗时机，这种情况下就需要进行内镜下治疗或者是手术治疗。在进行治疗时，具体的治疗方法需要在医生面诊后，根据患者的具体病情进行选择。
对于食管异位组织的治疗原则，主要是根据患者的病情严重程度，有无并发症等进行制定个体化的治疗方案。