结石导致肾萎缩，可以通过以下方法处理：
首先，要进行肾功能检测，GFR大于10%以上，行肾脏结石手术治疗，并要进行输尿管支架引流。将肾内的积水引流出来，避免肾脏再次积水，减轻对肾实际的压迫，就不会引起肾继续萎缩。还有可能会逐渐提高肾脏功能，避免肾脏进一步受损。
其次，如果CT检查肾实际厚度小于5mm，GFR测定小于10%以下。这种情况没有保肾的治疗需要。对侧肾脏的GFR大于40％以上，可将萎缩的肾进行切除治疗。如果患者是单独一个肾脏，即使是肾功能不全，也要进行尽量进行保肾治疗，也可以给予维持透析治疗。