甲状腺功能减退症会影响不孕。研究表明甲状腺功能减退症可导致雌激素水平降低，LH、 FSH、PRL升高，影响卵巢功能、内膜变薄，导致不孕。
下丘脑垂体甲状腺轴，与下丘脑之间各个水平之间互相联系和制约，因此甲状腺功能异常时会引起内分泌紊乱，导致性激素水平异常，引起不孕症的发生。此外还可导致黄体生成素排卵高峰的延迟和黄体功能减退，高泌乳素血症，可引起月经不调、溢乳、不孕。
所以临床诊疗中，需注意不孕症患者检查甲状腺功能，甲状腺功能低下者，应予以补充甲状腺激素。