复发性口腔溃疡很难根治，药物治疗只能延长间歇期，缩短溃疡期。
目前有效的治疗口腔溃疡的药物包括溃疡散、喷雾、漱口水以及复合维生素B。对于每个月发作1-2次的，可以不用激素类药物。但是如果发作过于频繁，每个月发作3-6次，建议配合使用激素类药物，有必要者抽血查免疫，根据结果来配合服用免疫制剂。
可以肯定的是口腔溃疡的发病与患者的饮食和心理也有很大的关系，因此需要患者调整饮食习惯。禁食辛辣刺激的食物，不吃过硬过烫的食物，并应调整作息，保持良好的心理状态。