交叉性异位肾是一种在胚胎时期发育异常，所导致的先天性泌尿系畸形疾病，约有90%的患者伴有异位肾和对侧肾脏融合。
导致交叉性异位肾的原因目前没有统一的说法，有人认为胚胎时，脐动脉位置异常压迫肾脏，改变其上升路线，导致交叉性异位的发生。也有人认为输尿管芽游走到反方向，导致肾脏交叉移位。
还有人认为胚胎尾部的排列错乱和旋转异常导致的，脊柱远端由一侧移位到对侧，导致泄殖腔位于脊柱的同一侧或者肾脏和输尿管，在上升过程中移位到了对侧。