传染性软疣和疱疹可以从以下方面进行区别：
第一，临床表现不同，传染性软疣多以躯干为好发部位，临床表现为躯干上散在多发的，绿豆至黄豆大小的类半球型的丘疹，颜色可以是正常皮肤颜色，仔细观察发现皮疹有一定的蜡样光泽，一般情况下没有瘙痒、疼痛的不适。疱疹临床上主要表现在皮肤黏膜交界处，红斑基础上簇状分布的丘疱疹。
第二，治疗方式不同，传染性软疣可以在消毒后用无菌齿镊将疣体破坏，或者可以通过激光等方式将疣体祛除。疱疹的治疗多是口服抗病毒药物，或者是抗病毒外用药物进行治疗。