如果将新冠当成流感以后，有可能导致病情的加重，甚至会造成感染的播散。
首先新冠的传染性较流感要强很多，如果认为是流感，可能未能及时按照甲类传染病的预防和管理。此时有可能未及时予以强制的隔离而造成传染的播散。同时有可能未对患者周边人员及密切接触者，进行相应的流调和隔离、核酸的筛查，有可能会导致群聚性的病例发生，后果相当严重。
此外，新冠患者误诊流感可能未早期使用抗新冠病毒的药物，仅口服奥司他韦胶囊治疗。此类抗流感病毒的药物对新冠病毒是无效的，有可能会诱发患者病情的加重，出现重症病例。
故要及时分清新冠和流感的特点，并及时予以相应的诊治。对于新冠和流感同时混合的感染时，亦要及时地鉴别诊断，并予以相应的处理。