泌尿系统感染反复发作的原因可能是药物治疗不对症，也有可能是泌尿系统合并有梗阻、结石，或者是病人患有糖尿病。
当病人被结核杆菌感染，出现泌尿系统的结核，此时使用普通的抗生素进行治疗，不容易治愈，结核性的感染会反复的发作。
如果是泌尿系统梗阻合并有感染，单纯只治疗感染没有治疗梗阻，也不容易治愈，会反复的发作。
如果病人有泌尿系的结石，同时合并有感染，也需要对结石以及感染同时治疗，感染才好完全的治愈，如果单纯治疗感染不治疗结石，感染也会反复发作。
如果病人患有糖尿病，糖尿病会导致病人抵抗力下降，不对血糖进行调整，只是治疗泌尿系统的感染，即使感染好转后，今后也容易反复的发作。