目前下咽癌的确切病因还不是十分明确，但是一些流行病学调查显示，吸烟饮酒是下咽癌发病的主要原因。
而且酒精中的乙醇能促进烟草中的致癌物质的提取，所以吸烟饮酒有协同致癌的作用。
人乳头瘤状病毒，也就是HPV感染也是诱发下咽癌的一个原因。还有一些研究表明，由于营养成分的不足，可能会造成缺铁性贫血，缺铁性贫血会造成咽部黏膜的改变，从而造成下咽癌，在妇女中多见。另外，DNA基因的缺陷，还有胃食管反流对咽部的慢性刺激，也可能是发生下咽癌的原因。