常说的普通结膜炎往往是指细菌性结膜炎，这两者之间可以从多方面来区分。首先就是病因不同，细菌性结膜炎是细菌性感染，病毒性结膜炎是属于病毒感染。
临床表现也有很大的区别，细菌性结膜炎往往伴有黄白色的分泌物，很少出现视物模糊等现象。病毒性结膜炎往往呈现水样或白色拉丝样比较粘稠，可能伴有流泪、视物模糊、异物感等刺激症状。
恢复时间也有很大的区别，细菌性结膜炎往往1~2周就可完全恢复，病毒性结膜炎则需要更长的时间，大约在一个月以上。