卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种是子宫内膜异位到卵巢皮质并在其内生长，反复周期性出血，形成单个或多个囊型的典型病变。卵巢巧克力囊肿的并发症有：
1.巧克力囊肿破裂。卵巢巧克力囊肿破裂时，囊内容物流入盆腔引起突发性剧烈腹痛，伴恶心呕吐和肛门坠胀。疼痛多发生于经期前后，性交后或其他腹压增加的时候，这种类似输卵管妊娠破裂。
2.女性不孕：约有50%左右卵巢巧克力囊肿患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，约30-40%患内异症。巧克力囊肿患有不孕，常因病变造成盆腔肿块、粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起;而一旦怀孕则异位内膜受到抑制而萎缩，对内异症起到很好的治疗，习惯性流产病例中有部分为子宫内膜异位症所致。
3.异位妊娠。因巧克力囊肿时与周围组织有粘连导致输卵管通而不畅，怀孕后就有可能造成异位妊娠。