一般情况下，毛囊炎可以自愈。在机体皮肤屏障功能受损或机体自身免疫功能降低的情况下，细菌会更加容易侵袭皮肤毛囊，造成其炎症。
正常情况下，毛囊炎可能只局限于单个或少量的毛囊，所以在充分休息、清洁皮肤、恢复免疫力之后，毛囊炎可以实现自愈。
但如果机体免疫力未能恢复至消灭侵入毛囊内细菌的水平，或者机体自身身体健康状况不佳，都会导致毛囊炎病情加重，可以扩散到周围的其他毛囊或组织，甚至造成全身的感染，而会加大治疗的难度，影响疗效。