含牙囊肿需要拔牙，尤其是囊肿内受累的埋伏牙是一定要拔除的。这首先跟含牙囊肿本身发生的病因是有关系的。
所谓含牙囊肿就是因为牙齿在发育过程中，牙冠牙根形成以后，残留的缩余釉上皮和牙冠之间出现液体渗出形成含牙囊肿。这个牙齿是导致含牙囊肿发生的病根，如果单纯刮除囊肿，不拔掉这个牙齿，很多情况下不能够根治囊肿。当然也有些情况下可以保留牙齿，比如，在前牙区的这种含牙囊肿，牙齿在一定程度上可以自然萌出的时候，可以保留牙齿，把囊肿开创引流，让牙齿不断萌出。牙齿萌出了，含牙囊肿缩小甚至完全消失了，可能能够避免手术治疗的损伤。
所以对于大多数的含牙囊肿而言，要进行囊肿刮治手术，在刮治手术同时要去除其中受累的或阻生的牙齿。有个别的含牙囊肿，牙齿有希望正常萌出，可以采取袋形开创减压的方法，打开囊腔去一部分囊壁，这样囊液流出来，骨自然形成，牙齿有个自然萌出的过程。如果牙齿自然萌出了，囊壁完全消失了，就可以避免手术的损伤。