头孢他啶针的利弊分两个方面：
它有利的一方面，主要表现在对革兰氏阴性菌的作用非常强大，对流感杆菌、大肠杆菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌等都有良好的抗菌作用，对一些球菌，如脑膜炎球菌和淋球菌，效果也比较好，并且对厌氧菌也有良好的抗菌活性。这些抗菌作用相比较于第一代的头孢唑林和第二代头孢呋辛，对革兰阴性杆菌引起的肠道感染以及腹腔感染等效果更好，并且肾毒性也相对较小。
它的弊端主要表现长期应用，可以导致维生素B和维生素K的缺乏， 还会引起二重感染和菌群失调症。