较小的巧克力囊肿，一般不会导致胚胎停育发生。如果巧克力囊肿较大，有可能会导致胚胎停育。
1.当女性在怀孕后会导致停经发生，这时候如果是小的巧克力囊肿，由于不来月经会导致囊肿缩小，甚至是消失，不会影响胚胎发育。
2.如果巧克力囊肿较大，直径在5cm以上，在怀孕后出现了扭转、破裂或者挤压到宫腔，也会导致胎儿发育受限，出现胚胎停育的几率增高。
因此，女性在备孕时候存在较大的巧克力囊肿，最好及时手术后再备孕比较好。发生巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，主要是发生在卵巢部位比较多见。