总感觉肛门擦不干净，首先是到肛肠科进行就诊，一般通过肛门局部的检查就可以初步明确诊断。
最常见的原因还是由于有肛门潮湿的存在，肛门潮湿局部分泌物存留，会刺激局部产生不适感，就会有擦不干净的情况，这种情况一般是通过药物治疗，可以使用中药进行坐浴，然后涂抹药膏进行对症处理。
另外，也不排除是由于有痔疮的存在，痔疮可以产生肛门的异物感，而且一些较为严重的痔疮，可以使局部的分泌物增加，出现炎症性的反应，也可以导致局部的潮湿，所以会有肛门擦不干净的感觉。
也不排除是由于肛瘘的存在，肛瘘通过管道和肛内相通，外口会反复地流脓和流水，可以使肛门潮湿，也有擦不干净的情况。