两个月的宝宝脑炎反复发烧可以采取以下治疗措施，有物理降温、抗病毒感染、保护脑组织等。
1.物理降温。患有该疾病的宝宝可以采取物理降温，包括冰袋、冰毯，也可以使用温水擦拭血管丰富部位，如腋窝、肘部，可以带走皮肤表面的热量达到降温。
2.抗病毒感染。脑炎引起的发热多是由于病毒感染脑组织，刺激体温中枢，导致体温中枢定点上移出现热量增高，此时选择抗病毒治疗可以起到降温作用。
3.保护脑组织。细菌、病毒等病原微生物感染脑组织后破坏血脑屏障，同时会导致组织充血、水肿，导致产热增多，此时选择保护脑组织、改善循环的药物，提高血脑屏障的免疫能力以达到降温的目的。