肺隐球菌病为新型隐球菌感染引起的亚急性或慢性内脏真菌病，隐球菌感染后仅引起轻度的炎症反应，肺部有局限性或广泛性肉芽肿形成，坏死和空洞少见，钙化和肺门淋巴结肿大极为罕见。肺隐球菌感染的初期，多数病人可无症状，少数病人出现低热、轻咳、咳粘液痰，偶有胸痛等胸膜炎症状，在艾滋病病人中，隐球菌感染经常是广泛播散的，在免疫功能重度受损的病人中，可以发生急性呼吸窘迫综合征。
实验室检查血白细胞计数和中性粒细胞轻度和中度增高，中晚期可有贫血，血沉增快，X线表现为多样性，轻的仅表现为双肺下部纹理增加或孤立性的结节状阴影，少数有空洞形成，急性间质性炎症表现为弥漫性浸润或粟粒样病灶，如果同时有艾滋病病毒感染的病人，更常见的表现为肺间质的浸润。由于肺部隐球菌感染可以与肺部其他疾病过程重复出现，所以X线无典型的特征。