缺智齿的影响因造成缺智齿的原因不同而不同：
1.智齿阻生，因颌骨不够大没有位置供智齿萌出，智齿因没有位置就会生长在颌骨内，向其他方向生长。智齿可能会露出部分牙冠，也能完全埋在颌骨里，因此牙根可能变形，甚至是向其他神经部位生长，这是非常危险的，智齿长不出来可能横向生长会挤到其他牙齿，可能会导致紧邻的第二磨牙的牙根发生吸收，增加患龋病和牙周病的可能性，阻生智齿反复冠周发炎，引起间隙感染、张口困难，全身发热、颌下淋巴结肿大等。如果智齿完全骨内埋伏阻生时间长了还会引起含牙囊肿。
2.智齿先天缺失，随着人类进化有的人智齿会先天缺失，拍摄曲面体层片牙槽骨内没有智齿，这种情况对患者是没有任何影响的。