骨髓炎出现了窦道并伴有流脓，要早期积极地进行手术治疗。手术可以清除骨髓炎窦道的脓肿，同时要清除死骨。在清除之后，要积极地用抗生素进行治疗。在清除脓液时，要取标本进行细菌培养以及药敏试验，根据敏感的抗生素给予抗生素的应用。
骨髓炎如果有流脓、窦道形成，常需要多次手术才能够治愈，在脓液逐渐减少之后，可以用骨水泥串珠进行治疗。在骨水泥中加入抗生素，然后再用串珠的形式放置于骨髓炎的窦道处，就可以使骨水泥中的抗生素逐渐释放而治疗骨髓炎。也可以通过肌骨瓣移植的手术，来对骨髓炎后期的皮瓣覆盖进行积极治疗。
所以，骨髓炎窦道流脓往往需要经过多次的手术治疗，才能够得以痊愈。