新生儿肺炎和支气管炎的发病部位、病因，以及主要表现不同。由于婴幼儿时期支气管壁缺乏弹性组织支持，软骨发育也弱，而且纤毛功能比较差，所以容易患支气管的炎症感染。气体容易滞留在下呼吸道，病程相对长一些，恢复的要慢，而且呼吸道梗阻的表现比较明显。
新生儿支气管炎主要见于病毒感染，由于新生儿的气管，或支气管的内径相对狭窄，气道阻力大。支气管炎症感染的时候痰液粘稠，不能排泄出来，所以要结合雾化吸入治疗。
新生儿肺炎可以见于吸入性肺炎，或者产时产后病毒、细菌感染引起来的肺炎。早期新生儿多见于吸入性肺炎，在宫内或者产时吸入了羊水，或者被污染胎粪引起来的，支气管肺部的机械性阻塞以及化学性炎症。