普通发烧和新型肺炎最主要的区别是感染的病原体不同，普通发烧常常是由于流感病毒、细菌或者是支原体感染引起的，而且新型肺炎是由于新型冠状病毒感染所致，这两种可以通过病原学和血清学检查进行区分。
其次是症状的不同，普通发烧常常是由于上呼吸道感染引起的，大概发烧三到五天，而且还会伴随着上呼吸道的卡它症状，例如咳嗽、流鼻涕、鼻塞等。
新型肺炎的上呼吸道感染症状一般不明显，是一种下呼吸道感染，可以出现干咳，随着病情的发作，还有会引起气促，甚至是呼吸困难。普通的发烧一般不会引起呼吸困难的。