脑囊肿手术后遗症通常包括以下几个方面，脑囊肿手术通常是指蛛网膜囊肿的手术治疗。
1.最常见的手术后遗症为术后脑囊肿无明显缩小，术前的头疼、肢体偏瘫或癫痫等神经功能障碍无任何好转，多因术中未能将脑囊肿内脑脊液，同周围脑池、脑室相沟通所致。
2.可能因术中脑组织的损伤，而导致偏瘫、癫痫等症状。因为蛛网膜下腔出血未能及时地行腰穿治疗，可能会引起蛛网膜下腔粘连，而发生脑积水。
3.较为少见的是手术区域周围神经的损伤，如动眼神经受损，可能会导致眼睑下垂、瞳孔散大、眼球外斜等后遗症状。