高致病性禽流感病毒感染多呈急性起病，早期轻症的患者可有普通感冒的表现，严重者可导致败血症、休克、多脏器功能衰竭等并发症而致人死亡。因而对于该病，及早的鉴别诊断具有重大的意义。
在临床中该病应该与流行性感冒、普通感冒、细菌性肺炎、衣原体肺炎、支原体肺炎、传染性非典型性肺炎、巨细胞病毒感染、肠道病毒感染、传染性单核细胞增多症等疾病进行鉴别诊断。主要与流感病毒感染相鉴别，流感病毒感染主要有高热，体温达39到40摄氏度，伴有畏寒、寒战。一般持续2到3天，全身中毒症状较重。还可伴有头晕、乏力、头痛、全身酸痛，呼吸道卡他症状轻微，少数患者有鼻塞、流涕、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，其他脏器衰竭的情况较少见。