通常情况下，胆结石会引起右上腹疼痛，主要是指右侧肋弓下缘，脐右上方的区域疼痛，如果用右手手掌放在患者右侧肋弓下缘，嘱患者深呼吸，吸气时如果出现疼痛症状，是为墨菲征阳性。
疼痛性质常为痉挛性的绞痛或持续性的胀痛，这与结石的大小、数量以及位置有关。如果胆结石合并胆道感染时，疼痛的部位可为整个上腹部，而且大多数患者可有右侧的肩背部和腰部的疼痛。
如果胆囊结石造成梗阻，使胆囊内的压力过高，容易导致胆囊坏疽或穿孔，此时胆汁流入腹部，会造成全腹的肌紧张和反跳痛，但以原发部位最为显著。