脑脓肿的并发症主要有肢体的偏瘫、癫痫、智力的低下，严重者可能会发生意识障碍的。脑脓肿为致病菌侵入到颅内，并且生长繁殖而形成的颅内的感染。脑脓肿的治疗主要是以抗感染、脱水利尿处理以及手术治疗为主。
引起脑脓肿后因为在颅内形成了占位效应，因此可能会引起肢体的偏瘫。压迫损伤脑组织后可能会导致脑组织神经元的异常放电，从而导致癫痫的发生。
脑脓肿如果治疗不当或者是治疗不及时，就可能会引起脑组织严重地受损，发生智力的障碍引起智力的低下。严重者甚至可能会发生昏迷等严重的后遗症。