肾结石没排干净，首选需要明确残余结石的大小、部位以及数量，然后再决定下一步怎么办。
如果残留的结石比较大，直径在0.6cm-2.5cm之间，可以考虑超声碎石术。术后多饮水，加强运动，可辅以中药排石汤，促进结石排出。如果肾结石直径大于2.5cm，结石在肾盂肾盏处，可以采用经皮肾镜穿刺直达结石所在部位，直接取出结石或碎石后再取出来。
如果结石在输尿管中下段，卡顿在输尿管内，通过内科治疗无法排出。可用输尿管肾镜经尿道逆行至结石处，可将结石套出或取出。