肛瘘并不会自行消失，由于瘘管的存在，肛瘘会出现反复的肿痛以及流脓症状，所以并不会自愈，更加不会自行消失。
有些肛瘘患者处于发作间歇期时，没有任何的症状，肛门周围外口也会出现愈合，患者会自认为肛瘘已经自行消失，完全痊愈。
但由于直肠内有肛瘘内口，细菌等感染物质会通过内口进入肛瘘，而导致急性发作症状，出现瘘管内感染、肿痛以及积脓，此时已经愈合的肛瘘外口，会再次出现破溃，导致流脓症状，类似症状会反复发作，最终都需要通过手术治疗，才能完全治愈。