急性肾盂肾炎一般经过积极、有效的治疗以后很少会出现并发症。但是如果治疗不当，或者机体抵抗力比较弱的情况下，可以出现并发症。通常主要的并发症有：
1、肾乳头坏死，一旦出现肾乳头坏死以后，患者往往表现有寒战、高热、剧烈腰痛、血尿，尿中有坏死组织排出，可以阻塞输尿管引起肾绞痛；还可以并发败血症，该并发症非常罕见，一旦发生患者的肾功能就会受到威胁。
2、肾周围脓肿，也是急性肾盂肾炎直接扩展至肾周围的组织引起的化脓性炎症。
3、败血症，革兰氏阴性杆菌败血症常常见于复杂性急性肾盂肾炎患者，一旦出现以后患者表现有寒战、高热，甚至会出现感染中毒性休克，血培养阳性。