囊肿和脓肿的最主要区别是其内的液体是不同的，大部分情况下囊肿内是含有组织液、淋巴液或者是炎性液，或者是因寄生虫病所导致的液体。而脓肿其内是含有许多的脓液，是感染较重时的一种表现。
如果囊肿较小，没有引起患者不适或者是引起患者的器官功能丧失的情况下，则不需要特殊用药治疗，也不需要行手术治疗。较大时可以行囊肿的切除，或者是囊肿开窗，或者是囊肿穿刺等。而脓肿必须要积极地完善相关检查，行手术切开或者是积极的穿刺引流，然后再给予抗生素进行治疗。
大部分情况下囊肿是不会导致人发热的，而脓肿是可能会导致人发热，甚至导致菌血症、脓毒血症，引起休克等症状。