胰腺炎切除假性囊肿后，大部分的情况下是不会留下后遗症的。
但是如果是重症的急性胰腺炎，也有可能会导致后遗症的出现，比较常见的就是脏器功能衰竭、胰腺假性囊肿又或者胰腺脓肿等。也有一部分的病人会出现明显的呼吸道感染、泌尿道感染等，如果感染扩散的情况比较严重，甚至可能会造成败血症。
另外如果在治疗的时候使用大量的抗生素，也有可能会形成慢性的胰腺炎。一般的情况只要所选择的治疗方法正确，基本上是不容易会出现后遗症的，也无需过于的担心。