脑器质性精神障碍的病因，包括：脑外伤、脑中风、脑肿瘤、炎症及各种颅脑的感染性疾病。
脑器质性精神障碍是指有明确的导致精神障碍的病因，是相对于原发性精神障碍。原发性精神障碍一般找不到明确的病因，至少在颅脑的结构上看不到明显的异常。脑器质性精神障碍，最常见的原因是脑外伤，在脑外伤的急性期，可能会导致意识障碍、遗忘症。在脑外伤的后遗症期，可以出现头昏、头痛、注意力不集中、记忆力下降、癫痫、睡眠障碍、情绪不稳等等症状。
脑肿瘤和急性的脑血管疾病，也会引起各种各样的精神症状。但是这些器质性的病因所导致的精神障碍，在原发病去除后，精神障碍可以得到明显的改善。