小袋纤毛虫的诊断依据主要是能够在粪便检查中发现小袋纤毛虫，需要与小袋纤毛虫病进行鉴别的常见疾病主要有菌痢、阿米巴肠病、梨状鞭毛虫病、溃疡性结肠炎以及肠结核等疾病，其中在与阿米巴肠病进行鉴别的时候需要注意，结肠小袋纤毛虫与溶组织中的阿米巴滋养体相比，虫体要更大一些，这也是主要的鉴别点。
小袋纤毛虫能够广泛的存在于人体以及动物中，患病之后的主要症状为腹痛、腹泻，因其临床表现缺乏特异性，非常容易误诊为其他的肠道疾病。
另外除粪便检查外还要结合患者的过敏史以及肝肾功能、电解质、腹部的影像学检查来进行综合评估与分析，可以更好的帮助诊断。