颅骨骨髓炎经过及时有效的治疗，大多都能治愈。如果颅骨骨髓炎引发的症状比较严重，在治愈后可能会留有一些轻微的后遗症。
对于初期的颅骨骨髓炎，如果骨质没有遭到破坏，主要是使用敏感的抗生素类药物进行治疗，药物治疗的时间应当在6到8周以上，才能够将感染控制住。如果颅骨骨髓炎已经处于晚期，局部的骨质已经受到了破坏，应当考虑进行手术治疗。通过手术将局部的死骨清除，还要进行置管冲洗，避免感染的扩散。
在手术后还应足量足疗程的使用抗生素类药物辅助治疗，才能够彻底治愈颅骨骨髓炎。