根管治疗会疼3∽7天左右。急性牙髓炎发作时，磨开髓腔后压力降低，2∽3天左右，疼痛缓解。
慢性根尖周炎形成时，根管内存在大量炎性物质及细菌毒素。在拔除死髓、进行根管清理的过程中，可能会激发细菌的频繁活动，引起根尖周炎的急性发作，出现明显胀痛。一般约3∽5天后，根管内放置的药物才能逐渐控制细菌数量，减轻疼痛。
根管充填时，糊剂和牙胶尖能密闭管腔，出现暂时性的压力升高，产生胀痛，约3∽5天疼痛逐渐减轻。如果根尖周围出现瘘管时，根管治疗后需刮除根尖肉芽，疼痛可持续7天左右。