乙型肝炎病毒相关性肾炎应当与表现为膜性肾病和膜增生性肾炎相鉴别。鉴别的疾病包括如下:
一、原发性膜性肾病，该病多发生于中老年患者，临床主要表现为大量蛋白尿、低蛋白血症，可以出现镜下血尿，血清补体c3是正常的，肾脏病理为典型的膜性肾病，肾脏组织中无HBV抗原沉积。
二、狼疮性肾炎，Ⅴ型狼疮性肾炎也就是膜性狼疮性肾炎，免疫病理检查的话呈满堂亮，光镜检查除了肾小球球基底膜增厚以外，也可以有系膜增生性病变，但是狼疮性肾炎多发生于青年女性，多伴有系统性疾病，实验室的检查可以出现多种自身抗体阳性，可以予以鉴别。
三、原发性膜增生性肾炎 ，可分为3种病理类型，该病主要是见于青少年，肾炎综合征合并肾病综合征，可有补体成分持续下降，部分患者血清c3致肾炎因子是阳性的。
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