精子畸形治疗最主要的就是针对病因治疗，首先要通过检查找出引起精子畸形的原因，一般比较常见的原因有精索静脉曲张。
如果轻微精索静脉曲张可以通过药物或者其它方法治疗，如果比较严重的精索静脉曲张，只能够通过手术做精索静脉结扎，这样才能够避免接触高温导致精子畸形，另外精子畸形还有可能因为病原微生物感染导致，需要在医生指导下进行抗感染治疗。
平时还要注意生活护理，尤其是一些特殊职业，例如长途车司机、厨师这些职业以及长期接触放射物质、化学物品的人群，需要加强生活护理。