儿童肛门脓肿也应该行手术治疗。
只要局部波动感明显，脓肿成熟，就应该通过手术在波动感最明显的地方将脓腔切开，使脓腔内的脓液引流出来，可以迅速缓解局部的症状。后期有可能会发展成为肛瘘，如果发展成为肛瘘，需要再次行手术治疗才能完全治愈。
如果儿童肛门脓肿局部范围非常局限，而且感染症状也不严重的情况下，可以先采取抗生素保守治疗，也可以采取鱼石脂软膏或者金黄散外敷，缓解局部红肿、疼痛的症状。治疗期间还需要注意清淡饮食，避免辛辣刺激性的食物，注意肛门局部清洁卫生。