连花清瘟颗粒可以空腹服用，但是因为其药性比较寒凉，通常建议患者应尽量减少空腹服用为好，以免因药物刺激胃肠道而引起一些不良反应。比如有可能会导致胃寒、反胃、恶心或引起呕吐。尤其是平时胃功能不是太好的患者，不要空腹状态下服药。可以在进餐后的半个小时，再服用连花清瘟颗粒，以避免刺激消化道而引起不适。
当然，若是对于胃肠功能很好的患者，也可以空腹服用本品，相对可以使药物的一些成分尽快被消化道吸收，优点是可以使连花清瘟颗粒的药效尽快发挥作用。