半夜突然体温升高、肚子疼，考虑和腹部脏器器质性疾病有关，需要积极去医院就诊。
患者上述现象的出现，可以考虑和腹腔内感染性疾病有关，比如急性胆囊炎、胰腺炎、阑尾炎、肠炎等疾病。炎症的刺激会导致体温中枢调定点升高，引起体温上升这种发烧表现。另外，炎症的刺激会导致腹部内脏脏器黏膜受损，以及神经敏感度升高引起肚子痛这种应激性反应。
建议积极去医院进行血生化，以及腹部彩超等相关检查，确诊疾病类型后按医嘱治疗较为稳妥。