大约在肛管下方约三厘米处。由两层肌肉把肛管围绕，被直肠纵肌和肛提肌穿过，可分为皮下组织、浅部和浅层。外层是肛门外括约肌，为骨骼肌和随意肌。
肛门内括约肌是一个非自愿的平滑肌组织，由骶神经系统的肛门口和会阴部神经控制。内括约肌主要是闭合肛门以及协助排便，外括约肌起括约肛门的功能，使肛管紧闭，排便时需要两个肌肉互相配合才能顺利完成一次排便的过程。如功能失调可导致一种肛门括约肌失迟缓症，患者出现排便困难、便秘、排便无力等症状。