甲状腺是在颈前气管的两侧，甲状腺的疼痛是用手触摸脖子的前面的疼痛，可以向头部、耳部放射痛，可以伴有咽下不适的感觉。嗓子疼是在口腔内的咽喉部位，这个部位的疼应该是咽下疼痛，但是用手触摸脖子前边应该是不疼的，也没有放射痛。两者发生的部位不同。
甲状腺疼多见于甲状腺疾病中的亚急性甲状腺炎，这是一个病毒感染的疾病，可以出现发烧，并伴有颈前的脖子疼痛。嗓子疼大多数是因为上呼吸道感染导致的咽喉部位的炎症。
两者可以伴发，也可以单独发生。